Существенным образом советы изменили взаимоотношение школы и церкви. В царской России православная церковь, пользуясь своим господствующим положением, по существу, подчинила себе все дело народного просвещения. В учебных заведениях в обязательном порядке преподавался закон божий, ученики и преподаватели обязаны были в праздничные дни посещать церковные богослужения. Около 40% всех начальных школ находилось в непосредственном ведении православной церкви. Чему учили в этих школах? В «Правилах о церковноприходских школах», изданных в 1884 г., говорилось: «Приходские школы нераздельно с церковью должны внушать детям любовь к церкви и богослужению, дабы посещение церкви и участие в богослужении сделалось навыком и потребностью сердца учащихся». В церковноприходских школах, где училось более 2 миллионов детей, священники усердно прививали любовь к монарху, церкви и богослужению. После революции школа была отделена от церкви, тем самым навсегда было покончено с положением, когда детям с малых лет навязывали религиозные убеждения, когда насиловалась свобода совести людей, когда не имелось возможности сознательно и свободно определить свое отношение к религии, науке, атеизму.
Деятельность Советского государства, направленную на раскрепощение трудящихся от гнета религии, подытожил декрет «Об отделении церкви от государства и школы от церкви». Декрет начинался словами: «Церковь отделяется от государства». Тем самым обеспечивалось главное условие осуществления права свободы совести: отныне государство не вмешивалось в дела церкви, а церковь — в дела государства. Согласно декрету религия объявлялась частным делом каждого гражданина по отношению к государству. Из всех официальных актов устранялось какое-либо указание на религиозную принадлежность или не принадлежность граждан. Действия государственных и иных публично-правовых общественных установлений перестали сопровождаться религиозными обрядами и церемониями. Регистрация актов гражданского состояния передавалась гражданским властям.
Школа отделялась от церкви, запрещалось преподавание религиозных дисциплин в учебных заведениях, где преподаются общеобразовательные предметы. Обучать и обучаться религии разрешалось только частным образом. Граждане Советской России получили возможность сознательно и свободно определять свое отношение к религии.