Однако не следует думать, что отношения самодержавия и православия были идиллическими, что они основывались только на принципе «рука руку моет». Нередко возникали и столкновения между ними, серьезные конфликты. Были случаи, когда самодержавие давало почувствовать союзнику свою силу. Чем же объясняются эти столкновения?
Мы не можем согласиться с объяснением, которое этим столкновениям дают современные православные богословы, называющие этот период периодом «неестественного отношения церкви к государству, приводившего к порабощению церкви государством». Это было естественное отношение царского государства к церкви, как к своему слуге, которому от господина достается и ласка и таска.
Мы уже говорили о том, что времена тяжелого народного бедствия, годы татаро-монгольского нашествия, оказались самым благословенным периодом в жизни русской православной церкви. Пользуясь большими привилегиями, предоставленными ей татарскими ханами, церковь скопила большие богатства и стала серьезной экономической и политической силой в стране. Когда Московское княжество начало собирать вокруг себя русские земли, а Золотая Орда клониться к упадку, церковь изменила свою политическую ориентацию и стала поддерживать политику централизации. Помогая московским князьям, получая от них подношения и дары, церковь еще больше богатела. По существу, в этот период она являлась не слугой, а союзником, равноправным партнером княжеской власти. По мнению исследователей, период времени от нашествия татаро-монголов до царствования Ивана III, когда иго завоевателей было свергнуто, можно считать самой цветущей эпохой для церковных имуществ, когда церковь была очень богатой и могущественной силой и вследствие этого стала почти независимой от светской власти.