Россию надо было представить как страну, выполнявшую великую миссию защиты православного населения от нечестивых мусульман. Но для того, чтобы стать светочем христианства, требовалось повысить авторитет русской православной церкви, ликвидировать те расхождения в богослужении и в богослужебных книгах, которых к этому времени накопилось достаточное количество.
В 1652 г. на патриарший престол был возведен митрополит новгородский Никон (в миру Никита Минов). Проведение реформы было поручено новому патриарху. С марта 1653 г. Никон стал энергично проводить в жизнь царские замыслы. Церковный собор, созванный в 1654 г., под председательством царя Алексея Михайловича, в присутствии боярской думы принял решение, согласно которому тексты церковных книг нужно было исправлять по древним славянским и греческим книгам.
Однако проведение реформы было отдано в ненадежные руки. Патриарх Никон, человек очень энергичный и властолюбивый, выражал интересы правящей церковной партии, недовольной решением, которое было принято земским собором 1649 г. Проводя реформу, Никон преследовал и свои цели, стремился укрепить церковь и вывести ее из зависимого положения. Очень скоро он выдвинул тезис о том, что «власти небесные, сиречь духовные, преизряднейше суть, нежели мира сего или временные» и поэтому «царь имать быти менее архнереля». По мнению патриарха Никона, цари не имеют права «прикасатися нам, помазанником Божиим, судом и управою чрез каноны».
Вполне естественно, что попытка поставить духовную власть выше светской не прошла Никону даром и вызвала самое решительное противодействие со стороны царя. В 1658 г. Никон вынужден был оставить патриарший престол, а в 1666—1667 гг. предстал перед церковным собором, лишившим его сана и отправившим в ссылку простым монахом. Интересно отмстить, как готовился собор. Хотя Никон из-за своего честолюбия и вспыльчивого характера испортил отношения с высшим духовенством, царь Алексей Михайлович все же опасался оппозиции.