Высшее духовенство было обеспокоено требованиями секуляризации церковных земель и поспешило искоренить опасную для церкви ересь. В 1490 г. на церковном соборе, состоявшемся в Москве, были осуждены новгородские еретики, их отправили под стражей в Новгород, где архиепископ Геннадий жестоко с ними расправился. В 1494 г. вынужден был покинуть митрополичью кафедру митрополит Зосима, который поддерживал еретиков. Положение московского кружка также пошатнулось.
Однако вопрос о монастырских земельных владениях не был снят с повестки дня. По требованию Нила Сорского он обсуждался на церковном соборе 1503 г. Русская православная церковь, чувствовавшая свою силу, решила во время обсуждения дать бой светской власти. Интересны аргументы Иосифа Волоцкого в пользу монастырского землевладения. Иосиф Волоцкий прямо заявил: «Если у монастырей сел не будет, то как честному и благородному человеку постричься, а если не будет доброродных старцев, откуда взять людей на митрополию, в архиепископы, епископы и на другие церковные властные места?

Итак, если не будет честных и благородных старцев, то и вера поколеблется» Митрополит Симон выдвинул на соборе другие аргументы в защиту церковного землевладения, он ссылался на давний обычай греческой и русской церкви, на уставы Владимира и Ярослава и даже приводил в пример татарских ханов, которые никогда не трогали церковных имуществ.
Абсолютно прав историк русской православной церкви Е. Голубинский, который, характеризуя расстановку сил на соборе, сказал: «Если, может быть, великий князь ожидал и рассчитывал, что архиереи выдадут монахов, то он совершенно ошибался. Архиереи были из тех же монахов и принимали к сердцу интересы последних, как свои собственные». Царь Иван III вынужден был отказаться от требований секуляризации монастырских владений, русская православная церковь оказалась еще достаточно сильной, чтобы отбить первый натиск светской власти на свои привилегии. К тому же обстановка не благоприятствовала Ивану III, он нуждался в помощи церкви. Отношения с Литвой были обострены, и в связи с этим были необходимы выступления церкви в защиту православного русского населения, проживающего на территории Литвы.