Следующий, более решительный шаг был сделан во время царствования Алексея Михайловича. В 1649 г. на земском соборе было принято соборное уложение, по которому церковным иерархам и монастырям запрещалось приобретение новых земель. Даже в том случае, когда умиравший вотчинник завещал свои земли какому-нибудь монастырю, разрешалось лишь получить их стоимость деньгами. При нарушении соборного уложения земли, полученные церковью, отбирались государством безвозмездно.
Православная церковь, разумеется, была крайне недовольна этим уложением, наносившим ей серьезный материальный ущерб, устами патриарха Никона она впоследствии назвала его «бесовским». Особое возмущение у православных иерархов вызывал учрежденный в 1649 г. Монастырский приказ, ведавший сбором доходов с монастырских вотчин и представлявший собой государственное судебно-административное учреждение.
В этот период русская православная церковь попыталась открыто заявить свои притязания на верховенство в руководстве общественной жизнью. Серьезный конфликт между светской и духовной властью был связан с реформой церковной жизни, проведенной в 1653—1660 гг. Инициатором реформы выступила светская власть. По ее замыслам, реформа должна была сделать церковь еще более послушным аппаратом в борьбе за дальнейшую централизацию государства. Проведение церковной реформы диктовалось и внешнеполитическим положением Русского государства. Россия вынашивала планы возвращения земель, захваченных Турецкой империей, и внешнеполитический курс, который был намечен царем Алексеем Михайловичем, нуждался в идеологическом обосновании.