В соответствии с новым вероучением были реформированы христианский культ и церковная организация.
Объявляя приоритет внутренней веры, протестанты отвергли многие церковные обряды, церемонии, традиции, отрицали монашество, монастыри, поклонение иконам, кресту, мощам. Однако, упростив культовые действия и отказавшись от некоторых общехристианских обрядов, новое религиозное направление в то же время выработало свои, свойственные только ему, обряды. В целом же протестантизм был непоследователен в своей реформе христианской религии. Едва объявив войну католической догматике, церковной организации и культовой практике
Отрицая таинства, лютеранство, например, сохранило два из семи — крещение и причащение. Протестанты провозгласили, что церковь не обладает магической силой, а является союзом верующих, и что священники — не какая-то особая каста, а люди, избранные верующими. Лютеранство на практике сохраняло определенную преемственность по отношению к католицизму, что придавало лютеранским реформам «верхушечный характер». Для него характерно отступление от учения о «всеобщем священстве» и восстановление средней ступени иерархии — приходских священников.
Более последовательно протекала Реформация в Швейцарии. Цвингли и Кальвин решительно порвали с обрядовой стороной католицизма. В организацию церкви были введены демократические начала: избрание или смещение священника, отмена постов и безбрачия, мессы, почитания икон и святых. Сохранив причащение и крещение, кальвинисты стали рассматривать их как простые обряды, а не таинства. Положив в основу своего вероучения догмат об «абсолютном предопределении» судеб людей еще до сотворения мира, Кальвин полностью отверг посредническую роль церкви и священников в деле «спасения». Богослужебная практика в кальвинизме была сведена к чтению и комментированию Библии, пению псалмов.