В годы Великой Отечественной войны произошла нормализация отношений русской православной церкви и Советского государства. С самого начала войны руководство православной церкви стало на патриотические позиции. Церковь рассылала послания верующим, организовывала богослужения, возносила молитвы о даровании победы русскому оружию, проводила среди духовенства и верующих широкий сбор добровольных пожертвований на нужды фронта. Так, например, на собранные среди верующих средства была построена танковая колонна имени Дмитрия Донского. Представители русского православного духовенства, в частности митрополит коломенский и крутицкий Николай, принимали активное участие в работе созданной в конце 1942 г. Чрезвычайной государственной комиссии по расследованию злодеяний, вершенных фашистскими захватчиками и их пособниками
Однако следует отметить, что на территории, временно оккупированной фашистскими захватчиками, часть православных священнослужителей активно сотрудничала с интервентами. Так, еще в начале войны епископ владимиро-волынский Поликарп Сикорский провозгласил украинскую автокефалию, в своих проповедях он оправдывал зверства захватчиков. В 1942 г. реакционные круги белорусского духовенства при поддержке гитлеровских захватчиков провели собор, на котором провозгласили автокефалию так называемой «Белорусской православной церкви». Собор послал главе фашистской Германии Гитлеру телеграмму с пожеланием «как можно быстрейшей победы» и выражавшей признательность врагу советского народа за «освобождение Белоруссии от безбожников большевиков».
Справедливости ради, следует сказать, что рядовое духовенство на оккупированной территории нередко сотрудничало с партизанами, укрывало мирных жителей от репрессий гитлеровцев, в своих проповедях выражало уверенность в неизбежности победы над фашистскими захватчиками. На оккупированных территориях фашисты открыли около 10 тысяч церквей, но их расчет использовать церковь как политическую силу против Советской власти не удался. В основной своей массе духовенство либо оказалось нейтральным, либо тайно сочувствовало освободительной войне своего народа.