Декрет «Об отделении церкви от государства и школы от церкви» обеспечивал все условия осуществления права свободы совести.
Русская православная церковь, лишившаяся своих богатств, привилегированного политического положе влияния в области просвещения и культуры, враждебно встретила установление Советской власти и ее первые шаги. В самый момент совершения октябрьского переворота происходил поместный собор русской православной церкви. Собор восстановил ликвидированное Петром I патриаршество и избрал патриархом митрополита московского Тихона (в миру Василий Белавин). Новый патриарх сразу же встал на позиции контрреволюции.
В своем послании от 19 ноября 1918 г. ко всем «верным чадам православной церкви российской» он объявил грозную анафему «извергам рода человеческого», «безумцам» и «безбожным властелинам тьмы века сего», отлучил их от церкви и потребовал от прихожан православной церкви не вступать «с таковыми извергами рода человеческого» в какое-либо общение.
Подстрекаемая такими посланиями большая часть духовенства русской православной церкви выступила в годы гражданской войны и иностранной интервенции на стороне белогвардейцев. Вместе с полками белогвардейцев и иностранных интервентов против молодой Советской республики сражались полки «Иисуса Христа», «богородицы», «архангела Гавриила», сформированные из служителей культа. Кроме того, православные попы служили полковыми священниками в белых армиях. Так, например, в армии адмирала Колчака насчитывалось несколько тысяч служителей культа, в «добровольческой» армии генерала Деникина— около 1000 священников, в войсках барона Врангеля — около 500.