Патриарх Иов не остался в долгу у своего благодетеля. После смерти царя Федора в 1598 г. он выступил главным режиссером великолепно разыгранного спектакля по избранию Бориса Годунова на царский трон. Патриарх Иов организовал различные «народные» делегации к Борису с просьбами принять венец, по его приказу во всех московских церквах служились по этому поводу молебны, в проповедях священники убеждали народ, что в случае отказа Бориса в стране «междоусобная брань воздвижется», будет «христианство в разорении». Ставленник Бориса председательствовал на соборе, редактировал соборную грамоту об избрании нового паря, в которой говорилось: «А у меня, Иова патриарха, и у митрополитов, и у архиепископов, и у архимандритов, и у егуменов, и у всего освещенного вселенского собора, и у бояр, и у дворян, и у приказных, и у служилых, и у всяких людей и у гостей, и у всех православных крестьян мысль и совет всех единодушно, что нам мимо государя Бориса Федоровича иного государя никого не нскати и не хотети».
Русская православная церковь в этот период прилагает много усилий для укрепления самодержавия. В качестве примера историки указывают на характер канонизации святых. В царствование Ивана IV, в 1547 г. и 1549 г., митрополитом Макарием собирались церковные соборы, на которых к 22 имеющимся отечественным святым было добавлено еще 39.

В. О. Ключевский дает интересный социальный анализ этих святых: 16 князей и княгинь, 1 боярин, 3 литовских мученика, 14 митрополитов и епископов, 4 юродивых и 23 основателя и подвижника монастырей Н. М. Никольский в своей истории русской православной церкви пишет, что среди вновь канонизированных святых не оказалось ни одного удельного князя, которые были так характерны для предшествующих периодов. Удельные князья, лишавшиеся в процессе создания централизованного государства своих земных престолов, лишались и небесных престолов.