Назначенные византийским патриархом митрополиты-греки были отчуждены от паствы и языком. На это прямо указывает в своей грамоте к константинопольскому патриарху великий князь Василий II: «Нам надобно сноситься с митрополитом о важных делах, и когда митрополит грек, то мы должны разговаривать с ним через переводчиков, людей незначительных, которые таким образом прежде других будут знать важные тайны»
Политическая власть Русского государства весьма нуждалась в услугах православной церкви, а полному использованию ее аппарата мешала ее зависимость от Византии. И когда греческая иерархия в 1439 г., после принятия флорентийской унии, пошла на союз с католической церковью, Москва категорически отвергла сторонника унии митрополита-грека Исидора. Собором епископов на митрополичью кафедру был поставлен русский митрополит Иона. Политической зависимости русской православной церкви от византийской пришел конец.

В разосланной после избрания на митрополичий престол грамоте Иона прямо указывал на своего нового повелителя, говоря, что верховным иерархом он поставлен «по воле великого господаря, великого князя Василия Васильевича».
В 1589 г., в период царствования сына Ивана Грозного царя Федора, был сделан новый шаг: во главе русской православной церкви встал патриарх. Патриарх был облечен значительно большей властью, нежели управлявшие до него русской церковью митрополиты. Он был как бы государем духовенства. Такая централизация церковной организации была очень выгодна для государственной власти. Достаточно было царю иметь своим послушным орудием патриарха, как он получал большое влияние на всю церковь. Интересно отмстить, что первым русским патриархом стал Иов, креатура Бориса Годунова, который был первой фигурой в государстве в царствование слабоумного царя Федора. Борис Годунов щедро осыпал милостями вновь поставленного иерарха русской церкви: ему была преподнесена жалованная грамота, подтверждающая его привилегии, выплачивалось громадное содержание деньгами, делались богатые подарки.